CorGAT – Coronavirus Genome Analysis Tool è un applicativo che facilita l’analisi del genoma di Covid-19 per individuare varianti e capirne gli effetti funzionali. Si tratta di uno strumento di sorveglianza genomica con importanti ricadute anche sullo sviluppo di terapie e vaccini.

L’applicativo è stato realizzato dall’Istituto di Biomembrane, Bioenergetica e Biotecnologie Molecolari del CNR (CNR-IBIOM) di Bari in collaborazione con l’Università degli Studi Aldo Moro di Bari e il Dipartimento di Bioscienze dell’Università Statale di Milano, con il supporto della piattaforma cloud Laniakea, resa disponibile dalla Compute Platform del nodo italiano dell’Infrastruttura di ricerca europea ELIXIR per le Scienze della vita, coordinata dal CNR sotto la responsabilità del dottor Graziano Pesole del CNR-IBIOM, che spiega: «CorGAT consente di confrontare le sequenze di uno o più virus in pochi secondi ed esegue in maniera rapida e veloce l’annotazione funzionale del genoma di Covid-19, un processo che è in grado di identificare le principali differenze tra i genomi di diversi ceppi del virus e di predirne le possibili implicazioni funzionali.
Lo strumento è stato sviluppato per incorporare la maggiore quantità di informazioni possibile e integra una serie di risorse e sistemi originali per l’annotazione del genoma.
Allo stato attuale CorGAT è probabilmente il più aggiornato e accurato sistema per eseguire questo tipo di analisi».

Il metodo è stato applicato a più di 50.000 sequenze genomiche, delineando le dinamiche evolutive del virus e le aree del genoma più soggette a mutazione, in uno studio pubblicato su Bioinformatics. Riprende Pesole: «la parte più variabile del genoma di Covid-19 è associata a un elemento di struttura secondaria noto come s2m, che in questo coronavirus sembra avere una struttura meno efficiente e definita rispetto a quella osservata in altri virus dello stesso tipo.
Benché le implicazioni funzionali di queste osservazioni non siano completamente chiare è indubbio che l’applicazione su larga scala di CorGAT e di strumenti simili faciliterà lo studio dei possibili effetti delle nuove varianti nel genoma di Covid-19, contribuendo indirettamente anche alla progettazione di farmaci e vaccini».

Aperto e accessibile a ogni ricercatore, l’applicativo viene costantemente aggiornato per offrire informazioni sempre più accurate e precise.

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