Covid-19, nuova PCR discrimina tra DNA genomico e sub-genomico

Uno studio dell’Istituto di Biomembrane, Bioenergetica e Biotecnologie Molecolari del Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR-IBIOM) di Bari, si è concentrato su una nuova metodologia per verificare il grado di infettività di una persona affetta da Covid-19. Questo è un tema di grande interesse: il mondo della ricerca medica si chiede da mesi se e quanto un soggetto asintomatico sia infettivo e lo stesso vale anche per soggetti con sintomi.

In questo studio gli autori hanno trovato il modo di discriminare tra: RNA genomico del virus, fatto di 30.000 nucleotidi, e le molecole di mRNA, i trascritti sub-genomici, che vengono prodotti per la codifica delle proteine necessarie ad assemblare nuovi virioni e per la replicazione del virus. Queste molecole indicano lo stato di attività del virus e, indirettamente, anche l’infettività di un soggetto da esso infettato.

Gli autori sono partiti da campioni nasofaringei di 166 pazienti Covid-positivi e li hanno analizzati con la tecnica della “droplet digital PCR” (ddPCR) che consente di conteggiare separatamente il numero di molecole di RNA genomiche e sub-genomiche. Ecco alcune delle considerazioni fatte osservando i risultati dell’analisi: il numero delle particelle di RNA subgenomiche correla positivamente con il numero di particelle di RNA genomico; gli mRNA subgenomici che codificano per le proteine del nucleocapside (N) e per la proteina Spike (S) hanno un andamento caratteristico, simile in tutti i campioni e indipendente dal numero di molecole di RNA genomico; i livelli di espressione del RNA subgenomico sono inferiori nei campioni con una bassa concentrazione di RNA virale. Queste osservazioni portano gli autori a ipotizzare che la valutazione del RNA subgenomico N e S possano essere utilizzati per stimare la carica virale “attiva” associata ai campioni.

Sono infatti le particelle sub-genomiche quelle che raccontano della reale attività proliferativa del virus presente nel corpo… peccato che la “real time PCR”, oggi usata per la valutazione dei campioni nasofaringei, non discrimini gli RNA subgenomici da quelli genomici. Sarebbe quindi importante migliorare la tecnica diagnostica utilizzando anche la ddPCR per poter così valutare non solo la positività al Sars-CoV-2 di un soggetto, ma anche la sua reale carica virale e quindi infettività.

Lo studio è stato condotto in collaborazione con l’Università degli Studi “Aldo Moro” di Bari, dell’Istituto Zooprofilattico Sperimentale di Puglia e Basilicata, del Laboratorio Covid dell’Ospedale Di Venere di Bari e dell’Università Statale di Milano, con il supporto della piattaforma bioinformatica e genomica di Elixir Italia.

(Lo studio: Annarita Oranger, Caterina Manzari, Matteo Chiara, Elisabetta Notario, Bruno Fosso, Antonio Parisi, Angelica Bianco, Michela Iacobellis, Morena d’Avenia, Anna Maria D’Erchia, Graziano Pesole. Accurate detection and quantification of SARS-CoV-2 genomic and subgenomic mRNAs by ddPCR and meta-transcriptomics analysis. Nature Communications Biology. Doi: 10.21203/rs.3.rs-403215/v1)

Stefania Somaré

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