I test genetici sono sempre più un importante strumento di stratificazione del rischio di sviluppare una patologia, infatti esistono mutazioni che sono già state associate a una maggiore probabilità di sviluppare, per esempio, forme tumorali ma anche patologie cardiache. Si tratta di mutazioni “patologiche”.
L’aumentare dei test genetici effettuati aumenta anche il numero di mutazioni note: queste non sempre possono essere associate in modo certo a una o l’altra patologia, esistono casi in cui una mutazione è di “incerto significato” e altri in cui una mutazione è definita “benigna”. Non solo. Con il tempo può essere che una mutazione “patologica” venga riconvertita in “benigna” e viceversa.
Insomma, è chiaro che ad avere significato clinico è tanto la mutazione individuata quanto la sua interpretazione.
L’Istituto Europeo di Oncologia, e in particolare il suo Dipartimento di Oncologia Sperimentale, ha sviluppato Renovo, un algoritmo capace di interpretare correttamente le mutazioni genetiche ereditarie che sostiene i medici nel valutare correttamente i risultati dei test genetici e ad avviare, qualora necessario, i percorsi di prevenzione più appropriati (Favalli V, Tini G, Bonetti E, Vozza G, Guida A, Gandini S, Pelicci PG, Mazzarella L. Machine learning-based reclassification of germline variants of unknown significance: The RENOVO algorithm. Am J Hum Genet. 2021 Mar 17:S0002-9297(21)00094-X. doi: 10.1016/j.ajhg.2021.03.010. Epub ahead of print. PMID: 33761318).
Luca Mazzarella coordinatore del gruppo che ha svolto il lavoro, in collaborazione con quello di Pier Giuseppe Pelicci, spiega: «utilizzando ClinVar, un database pubblico che contiene dati su oltre 600.000 varianti genetiche, Renovo è stato capace di classificare correttamente il 99% di quelle “stabili”, quelle cioè sulle quali non vi era alcun dubbio scientifico.
Inoltre, RENOVO ha anche correttamente interpretato il 95% delle varianti che sono state riclassificate nel corso degli anni. In altre parole, se avessimo chiesto a RENOVO di interpretare una variante che nel 2018 era stata dichiarata di significato incerto ma che è stata poi correttamente interpretata solo anni dopo, avrebbe fornito un risultato corretto nel 95% dei casi sin dall’inizio».
Interpretare in modo corretto è importante, per non rischiare di spaventare e sottoporre a periodiche prevenzioni cittadini con mutazioni “benigne” e, viceversa, non seguire in modo adeguato i portatori di mutazioni “patologiche”.
Conclude Mazzarella: «Renovo è ora pronto ad interpretare al meglio le migliaia di varianti che la ricerca scientifica individuerà nei prossimi anni e i risultati saranno usati per migliorarlo ulteriormente».
Renovo è già accessibile tramite un’interfaccia user friendly.
Stefania Somaré
